Prof. Dr.-Ing. Günter Schäfer studierte von 1989 bis 1994 an der Universität Karlsruhe (TH) Informatik und arbeitete im Anschluss als wissenschaftlicher Mitarbeiter am dortigen Institut für Telematik. Nach seiner Promotion im Oktober 1998 über das Thema "Effiziente Authentisierung und Schlüsselverwaltung in Hochleistungsnetzen", die 1999 mit dem Klaus-Tschira-Preis für verständliche Wissenschaft ausgezeichnet wurde, wechselte er im Februar 1999 an die Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications in Paris, wo er sich mit Fragen der Netzsicherheit und der Leistungsfähigkeit im Zugangsnetzbereich von Mobilkommunikationsnetzen der dritten Generation beschäftigte.
Zwischen August 2000 und März 2005 forschte und lehrte er im Fachgebiet Telekommunikationsnetze der Technischen Universität Berlin auf den Gebieten Netzsicherheit, Mobilkommunikation und innovative Netztechnologien.
Seit April 2005 ist er Universitätsprofessor (W3) und Leiter des Fachgebiets Telematik/Rechnernetze an der Technischen Universität Ilmenau. Günter Schäfer ist Mitglied der Association of Computing Machinery (ACM), des Institute of Electrical and Electronical Engineers (IEEE) und der Gesellschaft für Informatik (GI).
Herr Schäfer ist seit 2006 Vertrauensdozent der Stipendiatengruppe Erfurt/Ilmenau.